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      DNA 6mA免疫沉淀測序 (6mA-IP Seq)

      項目介紹
      參數
      常見問題
      應用案例

       

      DNA 6mA免疫沉淀測序(6mA-IP Seq)

       

      N6-甲基脫氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修飾類型之一,

      在細菌、藻類及植物基因組中廣泛存在,在DNA錯配修復、染色體分離和毒力調節中發揮作用。

      6mA免疫沉淀測序(6mA-IP Seq)通過特異性抗體富集6mA甲基化的DNA片段,結合NGS測序技術在全基因組水平上分析6mA修飾信息。

       

      用心服務每一個項目

      專注表觀組學10年,提供專業有價值的DNA甲基化完整解決方案;

      國內較早開發6mA-seq技術團隊之一, 嚴格的內參質控;

      已經完成藻類及動植物及人等多個物種6mA-seq項目經驗;

      專業的生物信息分析團隊, 提供更多個性化分析思路和方案。

       

       

      科學方案設計

      從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數據分析;

      每個項目需要專業、有價值的建議;及時高效的溝通,以保障高質量研究成果。

       

       

      樣本類型和要求

      樣本類型

      樣本要求

      基因組DNA

      總量≥ 5ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量

      動植物、藻類、低等生物等

      按照送樣要求準備

      備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸

       

       

      數據分析

      6mA-IP Seq

      分析內容

      備注

      標準分析

      1、測序數據質量評估

      過濾掉低質量數據,保證數據質量

      2、與參考基因組比對

      測序Reads 在基因組上的分布

      3、6mAPeak峰Calling

      6mADNA富集區域鑒定

      4、6mAPeak圖譜分析

      6mAPeak在基因組,染色體,功能元件上的分布

      6、組間差異6mAPeak分析

      尋找6mADMR及注釋

      7、差異6mAPeak基因分析

      相關基因GO,KEGG富集分析

      高級分析

      8、多組學整合關聯分析

      例如與轉錄組關聯分析

      9、其它定制化分析

      結合課題背景亮點挖掘

       

       

       

      未找到相應參數組,請于后臺屬性模板中添加

       

      案例分析:衣藻基因組6mA甲基化譜研究

      N6-Methyldeoxyadenosine Marks Active Transcription Start Sites in Chlamydomonas.Cell. 2015;7;161(4):879-892.

      一、研究背景

      N6-甲基脫氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修飾類型。6mA在細菌中廣泛存在,在DNA錯配修復、染色體分離和毒力調節中發揮作用。相比之下,6mA在真核生物中的分布和功能還不清楚。

      二、方法流程

      取材:單衣藻(Chlamydomonas)

      測序:6mA免疫沉淀測序(6mA-IP Seq)

      驗證:UHPLC-MS/MS: 整體6mA水平

      三、研究結果

      1、對衣原體基因組中的6mA進行了全面的分析,在84%的基因中鑒定出6mA修飾;

      2、6mA主要位于轉錄起始位點(TSS)附近的AT二核苷酸上,具有雙峰分布,并顯示出激活基因的標記;

      3、在6mA分布存在周期性模式, 與TSS附近的核小體分布有關,表明在核小體位置上可能起到作用。

      四、研究結論

      6mA的全基因組圖譜及其在衣藻基因組中的獨特分布表明6mA在真核生物基因表達中的潛在調控作用

       

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